Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 2 Kota Probolinggo merupakan madrasah alih fungsi dari PGAN, Surat Keputusan Menteri Agama Nomor: 42 Tahun 1992 tanggal 27 Januari 1992. PGAN Probolinggo terhitung mulai 01 Juli 1992 beralih fungsi menjadi MAN 2 Kota Probolinggo pada tahun awal beroperasinya MAN 2 Kota Probolinggo mengalami penurunan siswa secara drastis. Pada waktu masih PGAN memiliki siswa kurang lebih 800 siswa, setelah alih fungsi pada awal tahun pelajaran 1992/1993 dengan jumlah siswa 75 orang. Hal ini terkait dengan keberadaan Madrasah Aliyah di setiap Kabupaten dan Kotamadya baik Negeri maupun Swasta. Berbeda dengan Pendidikan Guru Agama hanya di beberapa kota saja dalam satu provinsi. Pada tahun 2016 sesuai dengan Peraturan Menteri Agama berubah nama menjadi MAN 2 Kota Probolinggo.
Pada awal operasional, MAN 2 Kota Probolinggo membuka jurusan:
A1: Jurusan Agama
A2: Jurusan Fisika
A3: Jurusan Biologi
A4: Jurusan IPS.
Tahun 1997 ada perubahan jurusan, sehingga MAN 2 Kota Probolinggo memiliki jurusan: Bahasa (dengan program bahasa Arab), IPS, dan IPA.
Tahun 2005 banyak perubahan dalam bidang pembangunan seiring dengan bertambahnya siswa-siswi MAN 2 Kota Probolinggo sampai puncaknya pada pertengahan tahun 2011 MAN 2 Kota Probolinggo telah memiliki Laboratorium sesuai dengan jurusannya yaitu diantaranya Fisika, Kimia, Biologi, Bahasa, dan Komputer. Dan ditambah dengan perubahan kantor pada tata usaha yang telah dimiliki bangunan dengan lantai 2, namun masih belum sempurna, dengan tampak di depan setengah bangunan dan di atasnya terdapat bangunan kantor tata usaha.
Sedangkan pada tahun 2011 sampai sekarang telah berkembang pesat di dalam segala bidang. Di samping berjalannya bidang Pendidikan program yang ada pada MAN 2 Kota Probolinggo, yaitu terdapat Program Kelas Akselerasi yang menjadi satu-satunya ikon madrasah, khususnya di Kota Probolinggo. Bidang sarana dan prasarana tersebut telah berkembang dengan cepat, dalam hal suasana dan kondisi yang nyaman, sejuk dan bersih sehingga sampah dapat diatur dengan baik. Serta memiliki berbagai jenis taman-taman dengan mempunyai fungsi menentramkan MAN 2 Kota Probolinggo. Ditambah lagi dengan prestasi yang luar biasa pada tahun 2017 yang mendapatkan Piagam Penghargaan “Adiwiyata Mandiri” Tingkat Nasional dari Menteri Lingkungan Hidup pada Tahun 2013 dan menjadi Juara II UKS Tingkat Jawa Timur. Serta bidang lainnya yang sekian lama meroket.
Seiring berjalannya waktu Alhamdulillah Alumni MAN 2 Kota Probolinggo banyak yang diterima di Perguruan Tinggi Negeri maupun Swasta.
Periodesasi Pimpinan Madrasah, diantaranya yaitu:
a. Sejak 1973 s/d 1978 di pimpin oleh Hamim, BA (PGAN).
b. 1978 s/d 1990 di pimpin oleh Drs. H. Djuweni Sholeh (PGAN).
c. 1990 s/d 1994 di pimpin oleh Drs. H. Adi Mulyono (MAN).
d. 1994 s/d 2005 dipimpin oleh Dra. Hj. Afifah.
e. 2005 s/d 2011 dipimpin oleh Drs. Misyanto, M.Pd.
f. 2011 s/d 2014 dipimpin oleh Dra. Siti Fatimah, S.pd, M.Pd.
g. 2014 s/d 2016 dipimpin oleh Syaiful Anwar, S.Ag, M.Pd.
h. Desember 2016 sampai sekarang dipimpin oleh Drs. H. Moh. Alfan Makmur, MM.
